Учреждение создано в целях обеспечения реализации предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий органов местного самоуправления городского округа «город Улан-Удэ» в сфере образования. Официальное открытие МОУ ДОД ДЮСШ №16 состоялось в феврале 2007 года. Возглавил ДЮСШ №16 заслуженный работник физической культуры РБ, Бадмацыренов Александр Хандажапович. ДЮСШ №16 осуществляет физкультурно-оздоровительную и воспитательную работу среди детей и подростков, направленную на укрепление их здоровья, всестороннее физическое развитие, а также оказывает всестороннюю помощь общеобразовательным школам в организации внешкольной работы по физической культуре.
В 2009 году по результатам государственной аккредитации установлен статус: образовательное учреждение дополнительного образования детей «Детско-юношеская спортивная школа», реализующее образовательные программы дополнительного образования физкультурно-спортивной направленности (бокс, велоспорт, лёгкая атлетика, футбол, волейбол). В 2011 году ДЮСШ №16 переименовывается в Муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Детско-юношеская спортивная школа №16 г. Улан-Удэ». В 2013 году школа выбирает статус автономного образовательного учреждения, чтобы иметь больше возможностей для осуществления высокой самостоятельной деятельности.
В 2023 году школа переименовывается в Муниципальное автономное учреждение дополнительного образования «Спортивная школа №16 «Забайкалец» г. Улан-Удэ. В настоящее время школу возглавляет Хамаганов Батор Петрович, к.п.н., в учреждении трудятся 34 сотрудника: 3 - административно-управленческий персонал, 18 - основной персонал (тренеры-преподаватели, инструктор-методист), из них 5 - внешние совместители, 13 - вспомогательный персонал, из них 3 - внешние совместители.. В школе сложился сплоченный, профессионально-компетентный коллектив. Для занятий спортсменов используются спортивный зал, стадион, спортивный зал МАОУ СОШ №7. В 30-ти группах получают дополнительное образование по образовательным программам спортивной подготовки 423 человека.
За период существования спортивной школы было подготовлено 3 мастера спорта России, более 25 кандидатов в мастера спорта, 30 спортсменов первого разряда и более 500 - массовых разрядов. Занимающиеся школы завоевывают призовые места на чемпионатах и первенствах Республики Бурятия, Дальневосточного Федерального округа, международных и межрегиональных соревнованиях. Команда СШ №16 "Забайкалец" участвует в первенстве Республики Бурятия по футболу в клубном зачете.
В зимний период на стадионе школы работает пункт проката лыж и коньков, заливается каток для массового катания населения, а летом проходят матчи регулярного первенства и чемпионата Республики Бурятия. Двери Спортивной школы №16 "Забайкалец" открыты для всех желающих, как для детей и подростков, так и для их родителей.
