Учреждение создано в целях обеспечения реализации предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий органов местного самоуправления городского округа «город Улан-Удэ» в сфере образования. Официальное открытие МОУ ДОД ДЮСШ №16 состоялось в феврале 2007 года. Возглавил ДЮСШ №16 заслуженный работник физической культуры РБ, Бадмацыренов Александр Хандажапович. ДЮСШ №16 осуществляет физкультурно-оздоровительную и воспитательную работу среди детей и подростков, направленную на укрепление их здоровья, всестороннее физическое развитие, а также оказывает всестороннюю помощь общеобразовательным школам в организации внешкольной работы по физической культуре.
В 2009 году по результатам государственной аккредитации установлен статус: образовательное учреждение дополнительного образования детей «Детско-юношеская спортивная школа», реализующее образовательные программы дополнительного образования физкультурно-спортивной направленности (бокс, велоспорт, лёгкая атлетика, футбол, волейбол). В 2011 году ДЮСШ №16 переименовывается в Муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Детско-юношеская спортивная школа №16 г. Улан-Удэ». В 2013 году школа выбирает статус автономного образовательного учреждения, чтобы иметь больше возможностей для осуществления высокой самостоятельной деятельности.
В 2018 году школа снова переименовывается в Муниципальное автономное учреждение «Спортивная школа №16 «Забайкалец» г. Улан-Удэ. В настоящее время школу возглавляет Бадмацыренов Александр Хандажапович, в ней трудятся 28 сотрудников, из них 15 тренеров, 2 инструктора по спорту, 1 инструктор-методист. В школе сложился сплоченный, профессионально-компетентный коллектив. Для занятий спортсменов используются спортивный и тренажерный залы, стадион. В 25 группах проходят спортивную подготовку 329 человек.
За период существования спортивной школы было подготовлено 3 мастера спорта России, 15 кандидатов в мастера спорта, 7 спортсменов первого разряда и более 500 - массовых разрядов. Занимающиеся школы завоевывают призовые места на чемпионатах и первенствах Республики Бурятия, Дальневосточного Федерального округа, международных соревнованиях. Команда СШ №16 "Забайкалец" участвует в первенстве Республики Бурятия по футболу в клубном зачете.
В зимний период на стадионе школы работает пункт проката лыж и коньков, заливается каток для массового катания населения, а летом проходят матчи регулярного первенства и чемпионата Республики Бурятия. Двери Спортивной школы №16 "Забайкалец" открыты для всех желающих, как для детей и подростков, так и для их родителей.
